【摘 要】
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目的：通过生物信息学分析方法筛选肝细胞癌（hepatocellular carcinoma,HCC）发病关键基因，验证HCC发病关键基因中与预后有关的基因。方法：从基因表达数据库（Gene Expression Omnibus,GEO数据库）下载GSE112790和GSE101685数据集，筛选2个数据集中HCC组织和癌旁正常组织的差异表达基因（differentially expressed g
【基金项目】
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国家自然科学基金（81660567）；
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目的：通过生物信息学分析方法筛选肝细胞癌（hepatocellular carcinoma,HCC）发病关键基因，验证HCC发病关键基因中与预后有关的基因。方法：从基因表达数据库（Gene Expression Omnibus,GEO数据库）下载GSE112790和GSE101685数据集，筛选2个数据集中HCC组织和癌旁正常组织的差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs），利用基因本体论（gene ontology,GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）信号通路分析DEGs的生物学过程和相关信号通路，利用Cytoscape软件从DEGs构建的蛋白质相互作用网络中筛选出10个关键基因，验证其中与预后有关的基因。结果：2个数据集共筛选出344个DEGs，其中104个上调，240个下调。GO富集分析显示，DEGs主要富集在细胞周期过程、有丝分裂细胞周期过程、有机酸代谢过程、羧酸代谢过程和草酸代谢过程。KEGG信号通路分析显示，DEGs富集在细胞色素P450-外源性物质代谢通路、p53信号通路、细胞色素P450-药物代谢通路、代谢通路、亚油酸代谢通路等。CDK1、CCNB1、CCNA2、CCNB2、MAD2L1、AURKA、TTK、CDC20、NDC80和BIRC5可能在HCC的发生发展中发挥作用。组织标本验证结果显示，HCC组织CDK1和MAD2L1 m RNA表达水平高于癌旁正常组织，且差异均有统计学意义（P＜0.001）。生存分析结果显示，CDK1低表达组HCC患者生存期长于高表达组HCC患者，且差异有统计学意义（P=0.030）；而MAD2L1与HCC患者预后无关联（P=0.481）。结论：CDK1、CCNB1、CCNA2、CCNB2、MAD2L1、AURKA、TTK、CDC20、NDC80和BIRC5可能在HCC的发生发展中发挥作用。其中CKD1与HCC患者预后有关联，可能成为新的HCC预后生物标志物。
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