【摘 要】
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应用ABEEM/MM分子力场结合ABEEMσπ/GB/SA方法,分别研究了内酯和羧酸盐形式喜树碱以及不含内酯结构的S39625与Topl-DNA复合物相互作用的结合自由能.从计算得到的结合自由能
【机 构】
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辽宁师范大学化学化工学院,辽宁大连,116029
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应用ABEEM/MM分子力场结合ABEEMσπ/GB/SA方法,分别研究了内酯和羧酸盐形式喜树碱以及不含内酯结构的S39625与Topl-DNA复合物相互作用的结合自由能.从计算得到的结合自由能以及相互作用的结构分析上来看,羧酸盐形式的喜树碱与Toplcc结合的更稳定,不合内酯结构的S39625也表现出和喜树碱相类似的结合Toplcc的能力.由此看来,内酯结构并非是喜树碱捕获DNA拓扑异构酶的必要条件,羧酸盐形式的喜树碱由于带一个负电荷而具有更强的结合能力.研究从分子水平上揭示了喜树碱的结构对抗癌活性的影响,将有助于设计和发展该类抗癌药物的合成.
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