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以往研究在测算区域创新的效率时并未考虑环境因素的影响。本文以中国省级数据为基础,应用三阶段DEA方法,在控制环境因素的基础上考察了我国区域创新的效率问题。研究表明,我国区域创新的效率较低,且其原因主要是由于规模效率不高所致;与经典DEA方法相比,三阶段DEA方法的测算结果更符合经济现实,更能客观地反映各地区的创新效率水平。本文结论为我国创新型国家建设的效率改进提供了启示。