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目的阐明2009-2015年引起青岛市手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)的病原之一柯萨奇病毒A4型(CV-A4)VP1编码区的基因特征。方法用荧光RT-PCR法对青岛市2009-2015年HFMD患者的咽拭子标本进行总肠道病毒(EV)、柯萨奇病毒A16(CV-A16)型和肠道病毒71(EVA71)型检测,以半巢式反转录PCR扩增非EV-A71,非CV-A16型肠道病毒VP1区部分基因序列,结合序列分析鉴定CV-A4血清型。对全部CV-A4阳性分离株进行VP1基因全长序列扩增及基因序列测定。用MEGA 5.0软件进行遗传进化及分子特征分析。结果青岛市2009-2015年7 967份HFMD患者的咽拭子标本中共分离到CV-A4 39株,分别占各年度肠道病毒总构成比的0.18%(1/541)、0.21%(2/944)、0.29%(2/681)、1.37%(4/292)、2.25%(12/534)、0.75%(7/928)和1.86%(11/591)。遗传进化分析显示,94.87%(37/39)的青岛地区CV-A4分离株位于C2b亚型,5.13%(2/39)位于C1亚型;青岛C2b亚型病毒株VP1区核苷酸一致性为90.7%~100.0%,氨基酸一致性为96.9%~100.0%。结论 CVA4不是引起HFMD的优势病原,C2b亚型毒株是青岛市CV-A4的优势流行株,同时伴有C1亚型毒株的流行。