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清政府平定准噶尔叛乱后，决定对新疆实行分封制，但准噶尔服而又叛的反反复复，使清政府意识到仅靠羁縻手段无法维持新疆地方的统一与稳定，必须以强有力的军事弹压为后盾，才篚维系清政府对新疆地方的有效政治控制，于是建立了以军统政的军府制。随着历史的发展和时代社会条件的变化，军府制的缺陷和不足日渐暴露，成为阻碍加强新疆治理的消极因素。