超级杂交水稻TIR1类似基因cDNA的克隆与生物信息学分析

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生长素受体TIR1通过形成SCFTIR1复合体与生长素直接结合,即为Aux/IAA在26S蛋白酶体降解过程中的关键蛋白质。在Blast检索和生物信息学分析的基础上设计特异引物,以超级杂交水稻(Oryza sativa)亲本株1S为材料,通过RT-PCR扩增并经T-A克隆后测序,获得一条长度为2219bp的序列,其开放阅读框长度为1764bp,编码含587个氨基酸残基的肽链。该序列经生物信息学分析发现,其与拟南芥TIR1相似性为77%,同样具有2个保守的结构域,即F-box和亮氨酸富集重复区域(LRR),且都不具有跨膜结构域和信号肽。该cDNA序列命名为OsTIR1。 The auxin receptor TIR1 binds directly to auxin through the formation of the SCFTIR1 complex, which is the key protein of Aux / IAA during 26S proteasome degradation. Based on the Blast search and bioinformatics analysis, specific primers were designed. Based on 1S of Oryza sativa parental strain, amplified by RT-PCR and sequenced by TA cloning, a sequence of 2219bp in length was obtained. Its open reading frame is 1764bp in length and encodes a peptide chain of 587 amino acid residues. This sequence was bioinformatically analyzed and found to have a similarity of 77% to Arabidopsis TIR1 and also to two conserved domains, namely, F-box and leucine-rich repeat region (LRR) Transmembrane domain and signal peptide. This cDNA sequence is named OsTIR1.
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