基于TCGA数据库分析肝细胞癌预后相关可变剪切事件

来源 :生物技术 | 被引量 : 0次 | 上传用户:hnwkn2008
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1.2.4构建AS与SF之间的调控网络rn根据RNA-seq数据提取剪切因子(Splicing Factor,SF)的表达量,分析AS与SF在HCC肿瘤样本中的相关性,构建调控网络.同时调控网络中SF在Cytoscape筛选前10位的关键SF,并通过在线网站GEPIA分析这些关键SF在HCC患者与正常样本中的表达差异及对预后影响.
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旨在构建互换U-box结构域的泛素E3连接酶CHIP和E4B的突变体,用以研究U-box结构域对两种U-box家族泛素E3连接酶CHIP和E4B活性的影响.通过overlap PCR的方法构建CHIP U-box替换为E4B U-box的突变体C+E,以及E4B U-box替换为CHIP U-box的突变体E+C.将突变体质粒分别与CHIP底物RCC2、E4B底物NIPSNAP1、CHIP和E4B共同底物p53、CDC37质粒共转染至HEK-293T细胞.Western Blot检测底物和CHIP、E4B
[目的]旨在研究RAW264.7细胞不同自噬模型中miRNA表达谱的差异,并探究miRNA在细胞自噬过程中的作用和调控机制.[方法]利用雷帕霉素(rapamycin,RAPA)和3-甲基腺嘌呤(3-methyladenine,3-MA)分别作用于小鼠单核巨噬细胞RAW264.7细胞,建立自噬诱导模型和自噬抑制模型,以未处理组作为对照组;提取各组总RNA,构建miRNA文库,通过高通量测序技术筛选出差异表达的miRNA,对其靶基因mRNA进行GO和KEGG分析;随机选取5个差异表达的miRNA进行RT-PC
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