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利用随机引物扩增多态性DNA（RAPD）技术，对落羽杉属原种及其杂交后代共13个样本进行亲缘关系鉴定。从100个10bp的随机引物中筛选出13个扩增效果较好的引物，共扩增出92条带，其中72条为多态性带。根据扩增结果进行聚类分析，结果表明杂交F1代中山杉302（落羽杉×墨西哥落羽杉）与母本落羽杉更为接近。在回交后代（中山杉302×墨西哥落羽杉）中，BCF1 118与BCF1 140相似系数最大；BCF1 1与母本F1 302亲缘关系最近；BCF1 118与父本墨西哥落羽杉亲缘关系最近。