目的总结肠结核与克罗恩病临床症状、内镜、病理表现的差异及肠黏膜组织结核分枝杆菌聚合酶链反应(polymerasechain reaction for Mycobacterium tuberculosis,TB-PCR)对二者鉴别诊断的意义。方法回顾分析1994年1月~2006年2月于我院确诊的42例肠结核和60例克罗恩病病例,记录患者的临床、内镜、病理表现特点及肠黏膜TB-PCR检测结果。结果克罗恩病患者临床表现为消化道出血者占56.9%(33/58),较肠结核(16.1%,5/31)多见(P<0.001);29.3%克罗恩病患者有肠外表现(口腔溃疡、皮疹、关节痛、肛周病变),而肠结核患者未见;内镜下克罗恩病表现为纵行/裂隙样溃疡(44.9%,22/49)、卵石征(28.6%,14/49)、节段性病变(51.0%,25/49)多于肠结核(7.7%、3.9%、0)(P值分别为0.001、0.011、0.000);克罗恩病患者肠黏膜组织病理表现为淋巴细胞聚集占34%(18/53),小血管炎占26.4%(14/53),明显较肠结核多见(0%、3.8%)(P值分别为0.001、0.016)。82.4%(14/17)的肠结核患者试验性抗结核1~2周症状改善,而5例克罗恩病患者试验性抗结核治疗4~8周均无效。肠黏膜组织TB-PCR检测阳性率肠结核组为11.5%(3/26);与CD组(14.3%,3/21)比较无显著差异(P>0.5)。结论肠结核与克罗恩病鉴别需结合临床表现、内镜、影像学表现综合判断;肠黏膜TB-PCR对肠结核与CD鉴别诊断的意义有限;试验性抗结核治疗及内镜随访仍是鉴别肠结核与克罗恩病的有效方法。