【摘 要】
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目的:利用生物信息学方法鉴定参与肝细胞癌(HCC)发生发展的候选基因及其潜在机制.方法:从基因表达数据库(GEO)中获得GSE19665、GSE41804和GSE84402,通过GEO2R工具和Venn图软件选择HCC组织与正常肝组织之间差异表达基因(DEG).对这些DEG进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路、基因本体(GO)富集分析、蛋白-蛋白相互作用(PPI)、生存分析(Kaplan-Meier)和基因表达谱交互式分析(GEPIA)验证.结果:3个数据集中共有139个一致表达的DEG,包括36
【机 构】
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温州医科大学附属温岭医院药剂科,浙江 温岭,317500;温州医科大学附属温岭医院医学检验科;温州医科大学附属温岭医院神经内科
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目的:利用生物信息学方法鉴定参与肝细胞癌(HCC)发生发展的候选基因及其潜在机制.方法:从基因表达数据库(GEO)中获得GSE19665、GSE41804和GSE84402,通过GEO2R工具和Venn图软件选择HCC组织与正常肝组织之间差异表达基因(DEG).对这些DEG进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路、基因本体(GO)富集分析、蛋白-蛋白相互作用(PPI)、生存分析(Kaplan-Meier)和基因表达谱交互式分析(GEPIA)验证.结果:3个数据集中共有139个一致表达的DEG,包括36个上调基因和103个下调基因.28个核心基因中有26个的预后明显较差,且有22个在HCC组织中高表达,4个基因(CCNB1、CDK1、BUB1和PT-TG1)显著富集于细胞周期途径.结论:HCC预后不良的4个显著上调的DEG可能是HCC患者的潜在治疗靶标.
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