肝细胞癌相关差异基因的生物信息学及预后分析

来源 :生命科学研究 | 被引量 : 0次 | 上传用户:Happyboy123456
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
肝细胞癌是全球癌症相关死亡的主要原因,目前对肝细胞癌的发病机制研究尚不完善,探索肝细胞癌发生、发展相关的分子标志物及其预后具有重要意义。从GEO数据库获得肝细胞癌组织和非癌组织的基因表达阵列数据GSE84402,利用GEO2R筛选差异表达基因;采用DAVID数据库对差异基因进行GO富集分析和KEGG通路分析;通过STRING数据库和Cytoscape软件构建差异表达基因对应的蛋白质相互作用网络,并从网络中筛选出核心基因(hub genes);结合KM plotter数据库的临床信息对hub genes进行预后分析。结果显示:共得到1 307个差异表达基因,其中上调基因741个,下调基因566个,这些差异表达基因主要涉及细胞分裂、细胞周期、DNA复制及物质代谢等生物学过程及生物通路。通过GO、KEGG及蛋白质相互作用网络筛选出BUB1、BUB1B、CCNA2、CCNB1、CCNB2、CDC20、CDK1、MAD2L1、PLK1等9个hub genes,进一步分析发现hub genes均与细胞周期的调控相关,表明细胞周期的调控失常在肝细胞癌的发生、发展过程中具有重要作用。生存分析显示9个hub genes在肝细胞癌患者中均为表达上调的基因,且与患者预后不良相关,这为寻找肝细胞癌患者预后相关生物标志物的研究提供了线索。
其他文献
《赵氏孤儿》和《哈姆莱特》这两部带有各自鲜明的民族特色的悲剧虽然产生在不同的社会形态中,但两者都是对当时社会的直接反映,都深刻地揭露了当时社会形态的某些特征。
目的探讨妊娠期高血压疾病(HDCP)患者血液流变学的变化。方法收集我院2013年1月至2013年12月收治的HDCP患者100例为HDCP组(包括妊娠高血压52例,轻度子痫前期35例,重度子痫前
为解决国内丢失儿童、老人、智障患者人数较多但极少被找回以及老年人摔倒后无人搀扶的问题,设计了一款基于GPS/LBS的双模人体定位监护系统;该监控系统以STM32F103ZE为核心处