地层不整合对油气成藏具有重要作用。柴达木盆地经历了多次构造运动的改造，形成多个不整合。不整合的形成与频繁构造活动、长期受风化剥蚀、大气水淋滤等有关。根据不整合成因机制及地震反射特征将柴达木盆地东部地区不整合划分为5种类型。风化剥蚀程度的不均一性使不整合具有典型的层状结构，即不整合面之上的岩石、风化粘土层和半风化岩石。柴达木盆地东部地区不整合面之上岩石类型主要包括底砾岩、水进砂体和泥岩，其发育受构造运动强度、古气候、古地形及暴露时间的控制，以底砾岩最为发育，且孔渗性好，构成流体的良好运移通道。风化粘土层在上覆沉积物压实作用下岩性较为致密，是一套良好的封盖层。半风化岩石类型有砂质岩类、泥质岩类和基岩，其均能形成风化淋滤带，改善孔隙结构，增强储集空间。不整合纵向分层结构构成油气运移的双重通道，同时为油气聚集提供良好的储集空间和圈闭条件。不同的不整合剖面类型可以形成不同的油气成藏模式。