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农业部农业综合开发项目是1989年设立的。根据新的《国家农业综合开发部门管理办法》，农业部良种繁育属于土地治理项目，其他属于产业化经营项目。所有项目重点扶持粮棉油等大宗农产品和园艺产品、草食畜产品及水产品的良种繁育体系建设。同时农业部还归口管理黑龙江省、广东省和海南省农垦总局的农业综合开发项目。