【摘 要】
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目的 通过对尘螨过敏人群呼吸道上皮细胞基因芯片的生物信息学分析，获得尘螨过敏的生物标志物。方法 从美国国立生物技术信息中心（NCBI）公共基因表达数据平台（GEO）下载GSE9150mRNA基因芯片数据集，对呼吸道上皮细胞样本进行分析。样本来源包括过敏人群上皮细胞10例（5例暴露于尘螨，5例暴露于生理盐水）和健康人群上皮细胞10例（5例暴露于尘螨，5例暴露于生理盐水）。采用R语言“limma”函数
【机 构】
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海南医学院公共卫生与全健康国际学院和第一附属医院
【基金项目】
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国家自然科学基金项目（No.82160634）； 海南省自然科学基金创新科研团队项目（No.820CXTD438）；
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目的 通过对尘螨过敏人群呼吸道上皮细胞基因芯片的生物信息学分析，获得尘螨过敏的生物标志物。方法 从美国国立生物技术信息中心（NCBI）公共基因表达数据平台（GEO）下载GSE9150mRNA基因芯片数据集，对呼吸道上皮细胞样本进行分析。样本来源包括过敏人群上皮细胞10例（5例暴露于尘螨，5例暴露于生理盐水）和健康人群上皮细胞10例（5例暴露于尘螨，5例暴露于生理盐水）。采用R语言“limma”函数包筛选差异表达基因（DEGs）,设定阈值logFC绝对值≥1且P＜0.05。用DAVID数据库对靶基因进行基因本体（GO）功能分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路分析，及应用STRING数据库构建蛋白质相互作用网络，再以Cytoscape对模块中的基因共表达关系进行可视化并筛选关键基因。结果 暴露于尘螨的健康组和过敏组共筛选出1 247个DEGs, GO分析显示DEGs生物学功能主要涉及炎症细胞活化、细胞交流和糖基化等。KEGG信号通路分析表明：NOD样受体信号通路、Toll样受体信号通路、TGF-β信号通路、IL-17信号通路、Th1和Th2细胞分化有关。基于蛋白质相互作用网络筛选出10个关键基因RSAD2/ISG15/IFIT1/OASL/MX1/IFIT3/OAS3/IFIH1/IFI44/DDX58。结论 通过生物信息学筛选发现了有关尘螨过敏患者与健康人群之间的DEGs,并通过PPI网络获得10个hub基因，为尘螨过敏机制与防治研究提供了新思路。
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