本文以2006—2010年1344家沪深A、B股公司为样本,采用聚类分析的方法,按要素密集度将样本公司划分为劳动密集型、资本密集型和技术密集型三个行业,对比考察不同行业公司治理对技术创新的影响关系。研究发现,三个行业中公司治理对企业技术创新的影响既有相同点,也存在差异。相同点是三个行业中第二至第十大股东持股比例、基金持股比例和董监高持股比例对研发投入均有正向影响。差异在于,在资本密集型和技术密集型行业中,董监高的薪酬激励有利于创新活动的开展;对于前者,国有第一大股东持股比例与研发投入正相关;对于后者,核心技术人员的期权激励对创新有显著的正向影响。进一步分析发现,良好的市场化环境是企业技术创新的外部推动力量。本文提出公司治理应与行业特点相匹配,以发挥其对创新的促进作用,是对新结构经济学在微观层面的应用和拓展,也为中国产业升级和经济转型提供了一些政策参考。