基于TCGA和Oncomine数据库子宫内膜癌生物信息学分析

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目的通过TCGA和Oncomine数据库对子宫内膜癌进行生物信息学分析,深入挖掘子宫内膜癌发生关键基因。方法从TCGA数据库中下载子宫内膜癌转录组数据,利用R软件对子宫内膜癌与癌旁正常组织进行比较,获取差异表达基因,进一步通过在线生物信息学工具对差异表达基因进行功能富集分析,并构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,采用Cytoscape软件对PPI网络进行筛选获取Hub基因。进一步在Oncomine数据库进行meta分析,获取关键基因。结果共挖掘子宫内膜癌差异表达基因1897个,其中上调1085个,下调812个,进一步对其进行功能富集分析,通过在线生物信息学工具构建PPI网络,前10位Hub基因,分别是CDC20、CCNB1、BUB1、CCNB2、DLGAP5、TPX2、NCAPG、NCAPH、CENPF和CDCA8。通过Oncomine数据库对Hub基因进行meta分析,最终获得5个关键基因分别是BUB1、TPX2、NCAPH、CENPF和CDCA8。结论基于TCGA和Oncomine数据库,获取子宫内膜癌关键基因,将为子宫内膜癌诊断、治疗及预后的研究提供新的思路。
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