目的 了解云南省HIV-1 CRF01＿AE毒株的流行分布及基因型耐药情况。方法 收集2018—2021年云南省抗病毒治疗失败的HIV/AIDS患者的人口学资料，采集患者血浆，逆转录聚合酶链反应扩增HIV-1 pol基因蛋白酶和逆转录酶区并进行序列测定，对基因型为CRF01＿AE的序列进行耐药情况分析。结果 通过基因型耐药检测共获得967例亚型为CRF01＿AE序列，其中男性682例（占70.5%），耐药509例，耐药率为52.6%，异性性传播813例（占84.1%），同性性传播95例（占9.8%）。同性性传播的耐药率最高，为65.3%；治疗时长＜12个月的耐药率最低，为35.9%,36～＜48个月耐药率最高，为58.1%。核苷类反转录酶抑制剂（NRTIs）耐药率为33.9%，非核苷类反转录酶抑制剂（NNRTIs）的耐药率为48.5%，蛋白酶抑制剂（PIs）的耐药率较低为1.3%。NRTIs类药物中阿巴卡韦（ABC）、恩曲他滨（FTC）和拉米夫定（3TC）耐药率较高，分别为为32.9%、32.4%和32.4%;NNRTIs类药物中奈韦拉平（NVP）和依非韦仑（EFV）耐药率较高，分别为47.6%和47.5%，均以高度耐药为主。一线治疗方案耐药率56.2%高于二线治疗方案耐药率29.5%，差异有统计学意义（P＜0.001）。NRTIs耐药突变位点中，以M184V/I突变位点为主，突变率为30.0%;NNRTIs耐药突变位点中，以K103N/Q/S突变位点为主，突变率为28.1%;PIs耐药位点突变率相对较低，主要的耐药突变位点是L33F，突变率为3.7%。结论 云南省抗病毒治疗失败亚型CRF01＿AE的患者耐药率有所降低，但部分地区及人群的耐药率仍较高，应加强对重点地区和人群的管理，加强耐药监测，对治疗失败的患者及时掌握耐药情况，合理调整治疗方案。