应急管理协同机制优化是一个兼具理论与实践的问题。已有研究主要是从结构和程序两个方面对应急管理协同机制进行探讨。但从我国应急协同的实践角度来看，一直缺乏一个能够有效链接“结构”与“程序”的理论“抓手”作为分析框架。基于我国政府体系的现实结构，由“条块”特征而生成的纵横复合的政府职责体系可以作为分析应急管理困点生成及优化进路的理论框架。通过对南京市应急管理协同机制的深入调研，从职责失序、职责间隔、职责沉降与转移的方面归纳出应急管理协同的能力弱化、条件不足和资源不平衡等困点，并从政府职责视角阐析其生成原因。基于理论框架和调研结论，并结合政府职责在应急管理中的实践应用，从优化职责载体、职责规范、职责条件、职责效能、职责保障五个方面分别提出重构协同机构体系、推进协同制度规范、实行协同转换机制、建构协同评估体系和完善协同资源配置为主要内容的优化进路。