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东方鲀属的红鳍东方鲀（Takifugu rubripes）是后基因组时代的一种重要模式生物。本研究中,利用东方鲀属11种鱼类（18尾）的D-loop基因序列,对东方鲀属鱼类的系统发育关系进行研究。经序列比对排定后,分析中D-loop序列有841个位点,其中395个位点为可变位点,267个位点为系统发育信息位点。分别采用邻接法（NJ）、最大简约法（MP）、最大似然法（ML）和贝叶斯方法构建了分子系统树。研究结果表明：（1）东方鲀属鱼类为一单系类群;（2）由横纹东方鲀（T. oblongus）和铅点东方鲀（T