本文在总结中药复方化学研究体系的基础上借鉴系统生物学,提出了一种新的组学研究方法-化学物质组学。化学物质组是指一定条件下输入生物体系的所有化学物质(化学成分)组成的复杂化学体系,而化学物质组学就是研究化学物质组的组成及其相互关系的一种方法。作为新学科萌芽的探讨,作者提出了层次化的化学物质组学的研究策略和相应的技术,应用于中药方剂的研究,并以清开灵为例从三个层次阐述了化学物质组研究方法,介绍了中药方剂化学物质组学研究的过程。作者认为:化学物质组学为复杂化学体系的研究提供了方法支持,是现有系统生物学的发展和补充,为研究生物复杂系统与外部的化学复杂系统的相互作用提供了必要条件;中药方剂作用于人体的过程正是最典型的两个复杂系统的相互作用,因此,化学物质组学的应用对于中药方剂研究将起到重要的推动作用。