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目的:分析省管县财政体制及该体制下省级转移支付对新型农村合作医疗筹资均等化的调节效应。方法:运用差异系数、泰尔指数综合测评省级转移支付前后3种不同经济类型区域新农合筹资均等化程度及效应。结果:2005—2011年,省级转移支付对区域间、区域内及总体新农合筹资均等化的调节效应均为正值且呈现逐年增大至趋稳态势,对区域间调节效应年均显著大于区域内,对欠发达区域调节效应年均显著大于较发达和发达区域;转移支付前后区域内筹资的不均等程度均大于区域间,且较发达和发达区域县际间的不均等化程度大于欠发达区域。结论:该体制下省级转移支付制度有效促进了不同经济类型区域新型农村合作医疗筹资的均等化发展;区域内以及较发达、发达区域县际间新型农村合作医疗筹资不均等是需进一步关注的问题。