以沙漠来源的锁阳-唐古特白刺（简称白刺）寄生植物体为对象，通过高通量测序分析寄生植物体内生细菌分布和组成及功能。结果表明，锁阳与寄生白刺、锁阳与非寄生白刺之间内生细菌OTU组成相似性分别为11.50%和2.33%；锁阳内生细菌物种丰富度显著高于非寄生白刺（P<0.05），而锁阳和寄生白刺内生细菌丰富度差异不显著；锁阳和非寄生白刺组间UniFrac距离为0.75，而锁阳和寄生白刺组间UniFrac距离为0.35，说明锁阳与寄生白刺间的菌群结构差异显著减小。随着寄生行为的发生，寄生双方内生细菌群落组成发生显著变化，寄主白刺相对丰度较高的属为糖霉菌属和Lepidoceras；锁阳中为Lepidoceras、伯克氏菌属、鞘氨醇单胞菌属和苍白杆菌属；非寄生白刺中为Lepidoceras和伯克氏菌属。Lepidoceras和伯克氏菌属等7株菌在锁阳中的相对丰度显著高于寄生白刺（P<0.05），仅有糖霉菌属和Olivibacter在寄生白刺中相对丰度显著高于另外两种样本（P<0.05）。内生细菌功能分析表明，分解木质纤维素的主要功能基因如NADH脱氢酶（K05575）、淀粉磷酸化酶（K00688）、α-淀粉酶（K01176）和环葡聚糖水解酶（K01208）等在寄生白刺中的相对丰度显著高于锁阳（P<0.05），这对认识沙漠条件下锁阳植物的成功寄生具有重要意义。