【摘 要】
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多重比对补骨脂素合成酶(psoralen synthase,PS)基因信息,预测单序列能量最低状态,基于粗糙集法,建立PS保守结构域的氨基酸残基识别体系,获取五指毛桃(Ficus hirta Vahl)的转录本中该Unigene序列信息,并通过生物信息学验证.结果 表明,通过五指毛桃RNA测序得到61287240条高质量读长(Clean reads),注释得到179974条Unigene序列.采用粗糙集法,预测40条PS基因有10个区域的氨基酸序列同源性高.通过转录本比对,获取五指毛桃1751 bp Un
【机 构】
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三明学院资源与化工学院,药用植物开发利用福建省高校工程研究中心,融媒体中心,三明,365000;四川农业大学,玉米研究所,成都,611130;三明学院资源与化工学院,药用植物开发利用福建省高校工程研究
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多重比对补骨脂素合成酶(psoralen synthase,PS)基因信息,预测单序列能量最低状态,基于粗糙集法,建立PS保守结构域的氨基酸残基识别体系,获取五指毛桃(Ficus hirta Vahl)的转录本中该Unigene序列信息,并通过生物信息学验证.结果 表明,通过五指毛桃RNA测序得到61287240条高质量读长(Clean reads),注释得到179974条Unigene序列.采用粗糙集法,预测40条PS基因有10个区域的氨基酸序列同源性高.通过转录本比对,获取五指毛桃1751 bp Unigene序列,开放阅读框1533 bp,编码510个氨基酸,属于细胞色素P450超家族的成员,相对分子质量为57.8 kD,等电点为6.48,亚细胞定位于内质网;二级结构α-螺旋、无规则卷曲和延伸连的比例分别为50.39％、33.73％、10.98％.虽然该序列编码的氨基酸与其他植物PS的相似性不高,但与大阿米芹、珊瑚菜等植物PS蛋白的三级结构极为相似,与同为桑科的川桑补骨脂素合成酶序列聚在一支.综上结果验证了基于粗糙集法,建立PS保守结构预测,获取PS的Unigene为五指毛桃PS基因,为基于植物转录组测序,获取目标基因,提供一种保守结构域的氨基酸序列获取方法.
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