黄杨属植物种类多,分类较为混乱,特别是中国特有种珍珠黄杨的分类地位和系统进化存有争议,鉴于此,本文选取黄杨属5种植物和珍稀濒危植物珍珠黄杨的5个居群,对其rDNA ITS序列分析,结合GenBank中报道的黄杨属其它9个种,以板凳果属顶花板凳果的ITS序列为参照,用成对比较的方法对黄杨属18种植物的ITS序列比较发现,黄杨属ITS序列的碱基替换情况是转换数大于颠换数,ITS-1区间碱基发生转换和颠换的数目基本相似,而ITS-2区间碱基发生转换的数目大于颠换数,同样存在于5.8S区。用朱克斯和坎托一参数模型和木村两参数模型对黄杨属ITS序列的替换率计算,无论是ITS-1、ITS-2还是5.8S序列都未达到显著差异。但由于ITS-2序列碱基的变化转换明显大于颠换,所以两参数模型计算所得结果大于一参数模型;对黄杨属不同聚类群分子进化相对速率检测发现,该属不同聚类群的ITS序列分子进化速率存在明显差异。本研究从相对速率检测和分子系统进化分析发现,珍珠黄杨并非瓜子黄杨的变种,而是属于姊妹种,并且发现珍珠黄杨与大花黄杨的亲缘关系相对较近。