产业合作已成为两岸经济合作的重要内容与目标，而且在“经合会”框架下建立了产业合作小组，以试点方式推进两岸产业合作。然而，现行机制下的两岸产业合作进展并不顺利，效果不如预期，这里有许多值得探讨的空间与问题。其中，在推进两岸产业合作与产业发展中，需要处理好如下几个重要关系。
　　政府政策引导与市场机制的关系。推动两岸产业合作，尤其是两岸推动的产业试点合作。不可否认两岸的政策导向是非常重要的，提供一定的政策支持也是必需的，在制造业领域的产业技术标准合作更具有关键性的作用。但两岸产业合作与产业发展，不能违背市场功能与市场机制，需要处理好政府政策与市场机制的关系。
　　发展传统产业与战略新兴产业的关系。目前有关产业发展与合作的讨论，两岸都在强调发展战略新兴产业，并给予诸多政策倾斜与优惠，普遍主张加强两岸战略新兴产业合作，而较忽视传统产业的发展与合作，支持力度也不够。其实，传统产业有其优势，做好传统产业的技术更新与升级，尤其是信息化、网络化与现代化，同样可以做大企业，实现可持续发展。康师傅、统一、旺旺集团便是传统产业发展的成功典范。因此发展实体经济，推进产业合作，不在于传统产业还是新兴产业，关键在于科学经营，并找到好的合作接点。只有夕阳的企业，没有夕阳的产业，便是最好的诠释。
　　产业合作与产业竞争的关系。两岸或两岸企业在同一产业领域既是合作伙伴，也是竞争对手。两岸企业通过各自的资源优势进行产业合作，不论是“强强联合”还是“强弱联合”，皆是建立在产业分工与优势互补基础之上的，均是为了追求更大的经济利益或谋求利益最大化，实现双赢与共赢。但两岸企业是不同的个体，有各自的利益，在市场上又是竞争对手，因此两岸在产业合作中也面临产业竞争的关系。两岸产业合作，如何在合作中竞争，在竞争中合作，在竞争与合作中壮大，是两岸面临的共同课题，需要深入探讨，同样涉及如何处理好政府与市场的关系问题。
　　代工经营与品牌经营的关系。代工经营模式是全球产业分工发展过程中出现的现象与结果，并不会因企业建立自主品牌经营模式而消失。只要有产业分工与复杂的产业链存在，就有代工模式的存在。好的代工经营，同样可以成功，可以做到世界级的大企业。两岸产业合作是建立新的经济链或产业链，在某一行业或领域中，必有主导企业，有品牌企业，也会有代工企业或配套企业，既有上游企业，也有下游企业，通过合作中的优势互补实现共赢与共同发展。
　　金融合作与产业合作的关系。长期以来两岸产业合作先行，金融合作滞后，阻碍了两岸产业合作，也制约了台湾金融业的发展。近年来两岸金融合作有了新的发展，签署了多个金融合作协议，有了制度化保障，两岸金融市场开放步伐扩大（但台湾对大陆开放仍然有限），对两岸产业合作将提供更好的金融服务与支持条件。台商投资与融资有了更多的渠道，有助于促进台商扩大在大陆的产业发展与产业合作。两岸产业合作与产业发展也同时为金融业提供了更多的业务与机遇，是两岸金融业持续发展的重要基础。如何进一步扩大两岸金融领域的开放与合作，为两岸产业合作提供更多的支持，是未来两岸经济合作的重要目标与方向。
　　产业合作与环保关系。产业发展与产业合作，不论是传统产业，还是高科技产业，均会存在环境污染问题。未来两岸产业发展与产业合作已不能回避环保问题，必须建立在足够的环保要求基础上，并应积极推进两岸绿色产业合作，这一合作应成为两岸产业合作的重要方向。
　　产业转型与产业升级的关系。两岸产业合作与发展也要处理好转型与升级的关系，要改变传统的或旧的两岸产业合作模式，将产业转型与升级作为产业合作与发展的重要目标，创新产业合作模式，实现产业合作的可持续发展。
　　两岸产业合作与国际产业合作的关系。两岸产业合作，尽管以两岸企业在海峡两岸（大陆与台湾）合作为主，但并不排斥与国际企业及在其他国家或地区的产业合作。在当今经济全球化或世界经济联系更加紧密的情况下，任何重大的产业投资或合作项目，不完全是两岸企业的合作，经常需要国际企业或国际资本的进入与合作。目前两岸产业合作场域主要集中在大陆，在台湾比较少，未来应在两岸同时扩张，重新布局，这就需要台湾的政策开放为基础。未来两岸企业可携手合作，将两岸产业合作场域延伸到海外与国际，在国际上进行产业合作，建立新的两岸产业合作关系。