为深入了解当前文冠果栽培群体和野生群体共存格局下的遗传多样性及其引种迁移格局变化，基于叶绿体测序分析数据，采用变异检测、多态性分析、单倍型分析、亲缘关系分析、Structure分析和主成分分析等方法，对9个野生群体和7个栽培群体共172个文冠果优树进行遗传多样性及其遗传结构研究。研究结果，为成功测序组装172个文冠果优树叶绿体基因组，均为典型的四分结构，基因组长度略小于参考叶绿体基因组，基因类别及数量与参考叶绿体基因组相当；共计检测到6类突变、52 460个SNP位点；其遗传多态性处于中低水平，各群体之间的遗传分化水平相对较低；多种分析方法得出的群体结构与单倍型分析结果基本一致，将16个群体分为4个组，根据地形位置可以划分为西部、中部、东北部和东南部。总体来说野生资源多样性较高，而栽培资源多样性较低。在当前野生群体与栽培群体共同存在的格局下，应优先保护野生群体，重点保护部分优株群体，可促进文冠果种质资源的有效保护与高效利用。