月亮谷是云南元阳梯田种植历史悠久、种植面积最大的优良水稻地方品种之一,当地少数民族具有引种或换种的稻作习惯.为揭示这种稻作习惯对月亮谷群体遗传多样性的影响,本研究对该品种群体内和群体间进行了遗传多样性的比较和分析,目的是为更好地了解月亮谷的群体遗传结构,为持久利用地方品种提供理论依据.首先采用分层随机取样的策略从元阳梯田不同海拔获得24个原位栽培群体,采用形态指数分类法和抗病性测定对24个群体共720个单株样品的月亮谷进行形态学分类和稻瘟病抗性鉴定,并分析了这些单株材料在48个SSR位点的遗传多样性.研究结果表明,形态上月亮谷属于栽培稻的籼稻类型,其群体对稻瘟病具中抗水平,但无论是在群体内还是群体间,均普遍表现出明显差异,说明不同来源的月亮谷存在抗病功能表型上的变异;遗传多样性分析显示,48对SSR引物共检测出91个多态位点,多态性位点百分率为77.08％,Nei多样性指数平均值为0.064,变幅为0～0.4302.24个群体之间的遗传相似系数在0.9753 ～0.9866之间,群体内个体之间的遗传相似系数在0.86～1.00之间;AMOVA分析显示,以地理村寨作为自然居群单位,居群间的变异为3.36％,居群内群体间的变异为33.15％,居群内的变异为63.49％;聚类分析显示,村寨群体间的遗传多样性与村寨间的地理空间距离有一定相关性.