目的 探索新时代疾病预防控制(以下简称疾控)机构运行机制改革举措,提出疾控机构运行机制改革建议.方法 通过中国疾病预防控制信息系统和《浙江省卫生健康统计年鉴》收集浙江省疾控机构2018-2020年财政投入、人员编制等资料;按浙江省地域分布和经济社会综合发展水平,选取省、市、县疾控中心和综合性医院等单位,采用方便抽样方法抽取620名在职职工进行问卷调查;组织单位主要领导、分管领导、中层干部、卫生行政部门人员以及省内外新型冠状病毒肺炎防控专家等40人开展定性访谈.结果 截至2020年底,浙江省共有疾控中心105家,其中省级1家,市级11家,县(市、区)级90家,非行政序列开发区3家.经济来源主要为财政补助收入和事业收入,总体为收入大于支出.全省疾控中心人员岗位编制7008个,编制配置比例为1.29/万人.定性访谈结果显示,认同率最高的疾控机构运行机制改革措施是公共卫生医师与临床医生柔性互通(90.03％);认同率最高的增强医防融合改革措施是进一步明确医疗机构公共卫生职能,保障公共卫生财政补偿(74.01％).结论 应进一步激发疾控体系运行内生动力和活力,加强各级疾控机构人才队伍建设,加强疾控机构与医疗机构主动融合,提升区域公共卫生水平.