基于全长转录组测序的掌叶大黄R1-MYB基因家族鉴定分析

来源 :药学学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户:xieyuanming
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作为MYB (v-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog) 转录因子家族的一大类, R1-MYB (MYB-related) 家族在植物生长发育、环境胁迫及激素信号转导等方面发挥重要的调节作用。本研究基于全长转录组测序分析, 系统筛选掌叶大黄R1-MYB家族基因, 分析其编码蛋白的理化、结构域及分子进化等特性, 利用RNA-seq进行基因组织表达分析, 并检测RpMYB24响应激素、非生物胁迫的表达模式。结果表明, 共鉴定到掌叶大黄49个R1-MYB家族基因, 主要编码热稳定的亲水蛋白, 大部分定位于细胞核。各蛋白无规卷曲和α螺旋所占比例较大, 存在MYB家族标志性的W型保守氨基酸。掌叶大黄R1-MYB家族成员分布于CCA1 (circadian clock associated 1)-like、I-box (GATAAG)-like、CPC (CAPRICE)-like、TRF (telomere repeat binding factor)-like和TBP (TATA binding protein)-like 5个亚组, 且CCA1-like数量居多。RNA-seq揭示49个R1-MYBs基因在掌叶大黄根、根茎及叶中差异表达, 根及根茎中分别有15、23个基因表达量高于叶中。发现RpMYB24基因受脱落酸 (abscisic acid, ABA)、水杨酸 (salicylic acid, SA) 和茉莉酸甲酯 (methyl jasmonate, MeJA) 的诱导, 且能显著应答损伤、低温或高温胁迫, 但对干旱胁迫响应不显著。本研究系统鉴定了掌叶大黄R1-MYB家族基因及其分子特征, 为下一步开展基因功能验证提供基础, 进而为大黄药材品质形成的转录调控机制研究提供科学依据。
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