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在编译过程中，为了对运行于可重构计算系统上的应用程序自动地进行软硬件划分，提出一种基于模拟退火和链式调度的划分算法，该算法将程序的划分和调度结合起来，采用软硬件协同工作的方式，利用系统中微处理器核与可重构硬件之间的并行性加速程序的执行，同时在调度过程中，通过配置预取减少系统的重构开销．实验结果表明，相对于现有软硬件自动划分方法，该算法可以平均减少25％左右的程序执行时间．