探索长链非编码RNA(lncRNA)-uc.167基本生物学特征,及uc.167在小鼠心脏发育过程中的空间分布特征、时间表达规律。
方法利用生物信息学软件ENCODE UCSC genome browser预测uc.167的基本结构和功能。取不同阶段(孕7.5、11.5、14.5、18.5 d)的胚胎小鼠心脏,使用实时荧光定量(RT)-PCR方法检测uc.167及邻近基因在心肌组织中的表达情况,并采用原位杂交技术检测uc.167在心肌组织的分布情况。采用二甲基亚砜方法诱导P19细胞向心肌细胞方向分化,采用RT-PCR方法检测分化过程中(d0、d4、d6、d8、d10) uc.167及邻近基因的表达变化。
结果人uc.167全长201 bp,定位于基因组5q14.3(chr5: 88179623-88179824,GRCh37/hg19),根据lncRNA分类原则,属Intronic antisense lncRNA;uc.167主要表达于心室肌组织内;uc.167在小鼠胚胎发育过程的表达水平逐渐下调(7.5 d:1.000±0.100,11.5 d: 0.714±0.107,14.5 d: 0.393±0.043,18.5 d: 0.125±0.013),而Mef2c的表达水平逐渐上调(7.5 d:1.081±0.118,11.5 d: 2.340±0.351,14.5 d: 3.958±0.542,18.5 d: 9.361±0.722),二者呈相反趋势;在P19细胞向心肌细胞分化的过程中,uc.167呈现"先升后降"的表达模式,在胚胎样小体形成(d4)时表达水平达到最高,而后逐渐下调(d0:1.071±0.117,d4: 4.714±0.501,d6: 3.572±0.414,d8: 2.550±0.314,d10: 0.786±0.085),临近基因Mef2c的表达变化与其呈相反趋势(d0:1.012±0.041,d4: 0.353±0.037,d6: 2.470±0.329,d8: 6.706±0.682,d10: 7.765±0.705)。
结论uc.167可能在胚胎小鼠心脏发育中具有一定功能;uc.167可能通过负向调控其邻近基因Mef2c来发挥作用。