【摘 要】
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目的 对2020年云南省曲靖地区手足口病（hand,foot and mouth disease, HFMD）病例中的柯萨奇病毒A组6型（Coxsackievirus A6, CV-A6）VP1区基因特征进行分析。方法 （1）直接从HFMD病例粪便标本中提取人类肠道病毒（human enteroviruses,EVs）RNA，先用MD91/OL68-1引物对病毒VP4/VP2结合区基因进行逆转录-
【基金项目】
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国家科技重大专项基金资助项目（2017ZX10103010）；
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目的 对2020年云南省曲靖地区手足口病（hand,foot and mouth disease, HFMD）病例中的柯萨奇病毒A组6型（Coxsackievirus A6, CV-A6）VP1区基因特征进行分析。方法 （1）直接从HFMD病例粪便标本中提取人类肠道病毒（human enteroviruses,EVs）RNA，先用MD91/OL68-1引物对病毒VP4/VP2结合区基因进行逆转录-聚合酶链反应（Reverse-Transcription Polymerase Chian Reaction, RT-PCR）和测序，确定病毒型别，再用各型病毒的相关引物扩增VP1区全序并测序，按测序定型标准对EVs进行VP1区定型；（2）按文献下载基因库中CVA6病毒VP1区基因参考序列，用MEGA 5.2软件构建系统进化树，进行基因特征和分子流行病学分析。结果 2020年共从曲靖地区HFMD病例500份标本中检测到49株EVs,EVs阳性率为9.80%（49/500）。49株EVs中，A组病毒（enterovirus species A,EV-A） 48份，占阳性总数的97.96%（48/49）,B组病毒（enterovirus species B,EV-B）1份，占2.04%（1/49）。A组病毒共4个血清型，其中CV-A4 3株，占6.12%（3/49）;CV-A636株，占73.47%（36/49）;CV-A10 5株，占10.20%（5/49）;CV-A16 4株，占8.16%（4/49）。B组病毒只检测到1株，一个血清型（CV-B4）。用MEGA 5.2软件对36株CV-A6病毒的VP1基因完整序列（915bp）和Yang Song、Mizuta K等发表的26株参考株序列共62株病毒作基因进化分析，曲靖地区36株均为D3a亚型。结论 2020年云南省曲靖地区HFMD流行以CV-A6（占73.47%）为主。基因进化分析表明，跟以往中国内地的情况一样，云南省曲靖地区2020年流行的CV-A6为D3a基因亚型，加强CV-A6病毒的实验室和分子流行病学监测是今后曲靖地区乃至云南省HFMD监测的重要工作。
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