【目的】明确云烟121健康和患黑胫病烟株根系及根际土壤丛枝菌根真菌（Arbuscular Mycorrhizal Fungi，AMF）侵染特征的差异，为探明土传真菌病害侵袭对烟株AMF侵染定殖的影响提供理论依据。【方法】以云烟121健康和患黑胫病烟株根系和根际土壤作为试验材料，采用显微形态观察法对种烟株根系AMF侵染水平和根际土壤孢子密度进行测定，应用Illumina高通量测序技术对烟株根系AMF多样性和群落结构进行分析，并应用冗余分析揭示根际土壤理化性质对AMF多样性及相对丰度的影响。【结果】健康烟株根际土壤AMF孢子密度和根系AMF侵染率明显高于患病烟株。基于高通量结果在烟株根系中共检测到1410个AMF-OTUs，分属于1纲4目5科6属。在不同分类阶层上，健康和患病烟株根系AMF的优势目、科和属种类均不相同。与患病烟株相比，健康烟株根系AMF的Ace、Shannon和Chao指数更高，Simpson指数更低，差异均达到显著水平，可见其AMF多样性更为丰富。PCA分析表明感染黑胫病可明显改变云烟121根系的AMF群落结构。冗余分析（RDA）结果显示，土壤速效养分与AMF多样性和丰富度呈负相关。其中有效磷和速效钾是影响AMF多样性的主要影响因子，有效磷对烟株根内AMF属水平上的相对丰度影响最大。【结论】对比健康烟株，感染黑胫病烟株根际土壤速效养分含量增加，土壤AMF孢子密度下降；根系AMF侵染率减少，AMF种类及多样性下降，且群落结构发生明显改变。本研究初步探明了感染黑胫病对烟株根系和根际土壤AMF侵染特征的影响，可为后续筛选对烟株黑胫病具有拮抗作用的AMF菌剂打下基础。