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以１２个苹果砧枯木基因型为试材，建立了扩增酶切片段长度多态性（ＡＦＬＰ）分析体系，对其分析过程中ＤＮＡ提取、双酶切、连接、预扩增、标记和选择性扩增的效果进行了检测。用Ｐ３２Ｍ６４引物构建了供试苹果砧木基因型的ＡＦＬＰ指纹图谱。该指纹图谱拥有扩增条带１０５条，多态性带６７条（占６３．８％），条带清晰可辨，扩增信号强，无背景干扰。讨论了ＡＦＬＰ分析的影响因素。