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正如市场不同的交易者之间进行交易活动的背后是由利益驱动一样，在创新体系里，创新人员与国家之间的相互关系也是由利益驱动的。体系的所有者国家为委托人（principal），创新人员为代理人（agent）。委托——代理理论框架旨在寻找处理他们之间关系的若干可能的解；或者证明，当最优解不存在时，会有什么样的次优解？理论发现表明：激励机制与风险机制之间是有替代关系；对代理人的监督程度也很难界定。如何重新调创新体系与创新人员间的权利与义务关系。重新设计激励机制。寻找使效率最大化的最优解成为论述的核心。