【摘 要】
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新型冠状病毒肺炎（COVID-19,新冠病毒）的流行严重影响了世界经济和人类健康.随着新冠病毒基因组序列的迅速积累,国际上已经检测和发表了成千上万的基因组变异.为了更好地追踪新冠病毒基因组进化轨迹,并实时解析疫情发展进程中的病毒基因组特征,本研究分析了121618个高质量的病毒基因组.基于参考基因组第8782和28144位点上的单核苷酸变异（SNV）,首先将这些病毒基因组划分为L和S两个主要谱系;
【机 构】
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State Key Laboratory of Protein and Plant Gene Research, Center for Bioinformatics, School of Life S
【基金项目】
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supported by the National Natural Science Foundation of China （91731301 and U1902201）； the Ministry of Science and Technology of the People’s Republic of China （2020YFC0847000）；
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新型冠状病毒肺炎（COVID-19,新冠病毒）的流行严重影响了世界经济和人类健康.随着新冠病毒基因组序列的迅速积累,国际上已经检测和发表了成千上万的基因组变异.为了更好地追踪新冠病毒基因组进化轨迹,并实时解析疫情发展进程中的病毒基因组特征,本研究分析了121618个高质量的病毒基因组.基于参考基因组第8782和28144位点上的单核苷酸变异（SNV）,首先将这些病毒基因组划分为L和S两个主要谱系;根据第3037、14408和23403位点上的SNV,进一步将L谱系划分为L1和L2两个主要亚谱系.在此基础上,根据另外201个基因组变异位点,逐级划分出了130个亚谱系（S中37个, L1中35个, L2中58个）.该谱系/亚谱系划分系统具有层次结构,反映了主要谱系中的亚谱系之间的亲缘关系.本研究同时建立了一个配套网站（www.covid19evolution.net）,不仅方便用户查看亚谱系信息,而且提供了谱系划分工具,用户可以通过上传新冠病毒基因组序列,做谱系类型鉴定.最后,本研究讨论了代偿突变和自然选择在新冠病毒进化过程中可能起到的作用.本研究将增进对新冠病毒基因组时空动态进化的理解.
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