在MPICH集群分布系统下复杂分子动力学的并行计算

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在以MPICH技术构建的局域网集群系统下,利用分子动力学并行计算软件Protomol和三维分子模拟软件VMD构建大规模并行计算平台,完成若干复杂分子动力学典型实例的仿真运算。计算结果表明:采用并行计算能持续有效地利用现有计算机资源,同时大幅度提高计算效率,在现有并行集群系统下可以获得3倍以上的加速比,为实现复杂分子动力学的深入研究提供了可行方案。 Under the local area network cluster system constructed by MPICH technology, a large-scale parallel computing platform is constructed by using the molecular dynamics parallel computing software Protomol and the three-dimensional molecular modeling software VMD, and the simulation operations of several typical complex molecular dynamics examples are completed. The calculation results show that parallel computing can effectively utilize the existing computer resources and greatly improve the computational efficiency. In the existing parallel cluster system, the acceleration ratio can be more than 3 times, which provides an in-depth study for the realization of complex molecular dynamics Feasible program.
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