科技是第一生产力，财政R&D项目投入是政府提高国家科技水平的主要途径。我国每年投入大量的财政资金直接或间接资助相关R&D项目的开展，以推动科技水平的提升，带动经济、社会的可持续发展。财政R&D项目投入的绩效如何已经成为政府及有关部门研究的重要课题，财政R&D项目投入产出绩效评估体系的研究也就成为一个值得关注和探索的问题。 本文以财政R&D项目为研究对象，选择项目后评价视角，通过大量的资料搜集与整理，比较分析目前的R&D项目绩效评估指标与评估方法的利弊，并结合实地调研的成果，运用实证研究的方法构建一套科学、合理的财政R&D项目投入产出绩效评估体系。 首先，在大量文献资料收集疏理的基础上，分析目前国内外R&D项目绩效评估现状，研究现有评估方法与评估指标的优劣，结合财政R&D项目投入产出的具体特点，提出财政R&D项目投入产出绩效评估理论模型。其次，设计调查问卷并合理的选择样本开展问卷调查，进行问卷信度效度检验，运用科学的数据分析方法对财政R&D项目投入产出绩效评估理论模型进行修正，得到绩效评估指标体系。再次，采用AHP方法为财政R&D项目绩效评估指标体系设计权重，并且结合评估体系的多层结构的特征和定性定量指标相结合的特点，设计了一套科学的计算方法，利用投入产出比来综合考量R&D项目的绩效。最后，结合实际科技管理工作的现实需要，分析了开发财政R&D项目绩效评估软件的必要性，并以本文构建的绩效评估体系为基础，对评估软件开发的目标、原则以及实现的功能进行了前瞻性的分析和定位，以指导评估软件的后续开发工作，提高财政R&D项目投入产出绩效体系的实际应用价值。