【摘 要】
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分子对接是预测蛋白质复合物的有效手段。对于分子对接算法的优化旨在加速分子对接效率,降低计算成本,以及充分发挥计算资源的利用率。本文主要采用3个方案对半柔性对接算法
【机 构】
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江苏理工学院电气信息工程学院生物信息与医药工程研究所,江苏赞奇科技股份有限公司
【基金项目】
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NSFC-广东联合基金(第二期)超级计算科学应用研究专项资助项目;国家自然科学基金(11647146,81603152)资助项目;江苏省六大人才高峰(2016-XYDXXJS-020)资助项目;江苏省产学研前瞻(BY2016030-06)资助项目;江苏省研究生科研与实践创新计划(SJCX17_0747)资助项目;江苏省研究生科研与实践创新计划(SJCX17_0748)资助项目
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分子对接是预测蛋白质复合物的有效手段。对于分子对接算法的优化旨在加速分子对接效率,降低计算成本,以及充分发挥计算资源的利用率。本文主要采用3个方案对半柔性对接算法进行优化:(1)方案一在CPU端进行优化;(2)方案二在方案一的基础上,利用CUFFT的移植工具CUFFTW为方案一提供部分GPU并行接口;(3)方案三利用GPU并行架构,通过CPU和GPU的协同处理,利用纯并行计算接口进行优化。3种方案对PDB code分别为1PEE,1B6C,4HX3和2SNI的测试蛋白进行结合态和自由态的对接,求得的最小均
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