检测orfA基因拷贝数鉴定布鲁氏菌种型的实时荧光定量PCR方法研究

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目的

建立实时荧光定量PCR方法检测布鲁氏菌基因组内IS711转座酶基因(orfA基因)的拷贝数,并应用于布鲁氏菌种与生物型的鉴定。

方法

构建基于Taqman探针法实时荧光定量PCR技术的orfA基因拷贝数的检测体系。设计bcsp31基因和orfA基因的引物和探针,应用实时荧光定量PCR方法同时检测同一菌株相同DNA浓度下的bcsp31基因和orfA基因含量,获得2个基因的循环数(CT值),再根据bcsp31基因和orfA基因CT值的差异,换算出待检测布鲁氏菌菌株基因组内orfA基因的拷贝数。同时,将布鲁氏菌16M菌株DNA进行2倍递减稀释,验证检测体系的稳定性。

结果

当16M菌株DNA浓度相差2倍时,实时荧光定量PCR方法同时检测bcsp31基因和orfA基因,测得的CT值差值均值均为1.00,95%置信区间为0.95~1.05,标准差为0.17,变异系数为0.17。应用该检测体系检测30株布鲁氏菌菌株DNA中orfA基因的拷贝数,发现羊种生物1~3型菌株分别有6、9和7个拷贝数;猪种生物2型菌株有10个拷贝数,与其他4个猪种生物型(1、3~5)菌株拷贝数不同;绵羊附睾种菌株有37个拷贝数;8个牛种生物型(1~7、9)菌株拷贝数稳定在5~6个。

结论

成功建立了一种检测布鲁氏菌orfA基因拷贝数的实时荧光定量PCR方法,该方法能够鉴定部分布鲁氏菌种与生物型菌株。

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