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稻瘟病菌生理小种的鉴别对培育抗稻瘟病水稻品种具有重要意义。传统方法利用一套鉴别品种区分小种既复杂又易受种因素的影响。我们在日本稳定菌株北１的基困组文库中筛选出了一套含重顺序的克隆，２个克隆被证实具有高度的多态性。用其中的ＰＯＲ６对１７个稻瘟病病菌株进行Ｓｏｕｔｈｅｒｎ分析，获得了可分辨和重复的基因组特异的指纹图谱。本文提供了８个稳定的稻瘟病菌株的致病性与其ＤＮＡ指纹图谱之间关系，结果表明各小种组合