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在分析现有Petri网建模及其FPGA实现方法的基础上,首先探讨了并行计算的Petri网建模方法,将并行计算任务分解成多个并行处理单元,用IOPT网为系统进行建模;然后提出了构造监控层和算法层的双层结构以实现模型到FPGA实现的具体映射,有效解决了Petri网模型中变迁只能表示简单加减运算的问题。通过矩阵乘法的应用示例,表明了上述方法的正确性和通用性。最后提出了进一步的研究方向。