肠道微生物产生的代谢物是影响宿主健康的关键介质。肠道中的细菌、真菌、原生动物分解各种膳食营养素而产生的小分子代谢物有益于宿主健康。微生物产生的色氨酸与宿主多种不同生理过程紧密关联，如宿主的生理防御、内稳态、肠道屏障免疫以及炎症性疾病等，但还不清楚这些色氨酸的代谢物之间是否存在协同或竞争关系。因此，明确由微生物代谢产生色氨酸的作用机制将有助于进一步解释微生物代谢产物与肠道健康之间的关系。本文主要综述了肠道细菌、真菌、原生动物与色氨酸代谢的特点及其代谢产物在肠道免疫屏障中的作用、色氨酸代谢物作为关键信号分子在不同的肠道炎症疾病中维持肠道稳态的作用、色氨酸代谢物在宿主免疫免疫调节中的作用，旨在探讨肠道微生物的色氨酸代谢物对宿主健康的潜在影响，为今后肠道微生物代谢与哺乳动物健康这一新兴领域的研究提供参考。