基于网络药理学方法分析中药抗卡波西肉瘤血管生成的潜在有效成分及分子作用机制,预测中药在抗卡波西肉瘤血管生成中的关键靶点和信号通路。
方法根据既往网络药理学研究结果,利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取虎杖、桑白皮、土茯苓、紫苏子的主要化学成分和靶点;通过GeneCard、OMIM、DrugBank、TTD数据库检索获取血管生成及卡波西肉瘤治疗靶点,构建韦恩图,得到卡波西肉瘤与抗血管生成药物成分相互作用的靶点;利用STRING 11.5平台构建蛋白质互作模型;应用Cytoscape3.6.0软件构建成分-靶点网络,并进行可视化。同时利用Metascape平台对核心靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最后将得到的主要活性成分和核心靶点进行分子对接验证。
结果抗卡波西肉瘤血管生成药物的核心成分为白藜芦醇[连接度(degree)142]、槲皮素(degree:141)、山柰酚(degree:56)、木樨草素(degree:56)、β谷甾醇(degree:37)、花生四烯酸(degree:36)、柚皮素(degree:36)等,核心靶点是前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)。利用KEGG分析筛选出抗卡波西肉瘤血管生成相关的重要通路为癌症信号通路;GO分析显示在生物学过程中靶点主要集中在细胞迁移的正调控。分子对接结果显示白藜芦醇、槲皮素、山柰酚和木樨草素与PTGS2均有较好的亲和力,其中槲皮素和木樨草素与PTGS2结合能力最高,结合能分别为-9.4、-9.5 kcal/mol。
结论本研究表明中医药百科全书数据库所录入的4种中药可能通过调控癌症信号通路,作用于PTGS2等靶点发挥抗血管生成作用,从而预测了中药抗卡波西肉瘤血管生成的可能作用机制。