基于2000-2015年中国大中型企业制造业和高技术产业数据,运用多元线性回归和交叉相关分析方法,实证分析政府资金、企业资金对企业基础研究和产业发展的阶段性影响。研究发现:政府资金、企业资金对近期企业基础研究具有显著负向的影响,但政府资金投入对6年后的企业基础研究具有显著正向的影响;当期企业基础研究对促进产业发展具有显著负向的影响,但当期企业基础研究6年后对促进产业发展具有显著正向的影响。无论技术开发阶段还是成果转化阶段,政府资金和企业资金对企业基础研究和产业发展都呈现相同的影响,且政府和企业对基础研究的投入更青睐于短期见效,定位趋同容易引发挤出效应。因此,政府科技资源配置需要定位更长远的目标、关注产业创新能力的整体提升,分阶段对企业研发活动进行竞争性资助,避免替代企业投入,更多地引导企业加大基础研究投入,更有效地发挥企业的技术创新主体作用。