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在美国诞生的“智能设计论”有着和自然神学相似的立场——它强调自然选择理论不足以解释生命世界的复杂，断言这一切只能出自智能的设计，甚至认为智能设计论可以取代进化论，进入公立学校的科学课堂。这样一来，它与科学理论究竟是什么关系就引起了人们的广泛关注。科学理论具有预测功能，科学预测和对智能的预言是两回事，而进化论的表现同一般科学理论完全一致；科学理论追求某种简单性，从最佳说明的标准来衡量，科学理论追求的简单性不可能包括智能的原因；智能设计论强调复杂就意味着设计，而从生物学角度分析“醉汉走路”表明，在复杂性的最低点，进化只能变得更复杂，但离开最低点，复杂性的趋势随时可以停止。如此看来，智能设计论不是科学理论，它不过是一种新的自然神学。