基于宏基因组测序对奶牛运动场土壤和粪便微生物群落结构的分析

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采用宏基因组技术分析规模化奶牛运动场不同位置土壤和新鲜粪便中微生物群落丰度.测序结果显示:土壤的样本中可见丰度最高的是变形菌门,其次是放线菌门,其余依次为拟杆菌门>绿湾菌门>浮霉菌门>芽单胞菌门>酸杆菌门>厚壁菌门>疣微菌门>蓝细菌门,且以运动场中央为圆心,距离越远的样本变形菌门丰度逐渐下降,而放线菌门丰度逐渐增加.研究还发现变形菌门、放线菌门是土壤中的优势细菌,子囊菌门和担子菌门为土壤中的优势真菌,奇古菌门和广古菌门为优势古菌群落.在新鲜粪便中的优势细菌为厚壁菌门和拟杆菌门,而担子菌门、毛霉门和壶菌门为优势真菌群落.
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为探索恢复细菌对抗菌药物敏感性的方法,文章通过设计单因素试验分别研究了营养条件、传代次数与耐药菌敏感性恢复之间的关系.结果显示,对环丙沙星高度耐药的大肠杆菌菌株[MIC(最小抑菌浓度)=128μg/mL]在稀释8、16和32倍的培养基中传代培养210代后,恢复为敏感菌株(MIC=0.25μg/mL);对环丙沙星高度耐药的大肠杆菌在正常培养基中传代培养210代后,其MIC值为16μg/mL.表明对环丙沙星高度耐药的大肠杆菌在较低的营养条件下可以恢复为敏感菌株,较低的营养条件有利于细菌对药物敏感性的恢复.
有效的圈舍清洗和消毒是目前对抗非洲猪瘟疫情唯一可用且有效的方法,如何制定适合本场的清洗和消毒程序,如何选择合适的消毒剂及进行科学的清洗消毒操作,怎样进行消毒后环境的评估是业内关心的问题.文章就目前国内外针对猪瘟疫情下猪舍环境清洗消毒研究进行总结,供行业参考.
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2021年初,河北省某规模化猪场仔猪出现严重腹泻.为查明仔猪腹泻病因,通过观察临床症状、剖检病理变化,并采集肠组织样品进行RT-PCR检测.结果发现,发病仔猪精神萎靡、呕吐、腹泻等,临床剖检发现小肠壁变薄、小肠黏膜充血等,进一步的RT-PCR检测结果表明被检测样品中仅含有PDCoV核酸,未检出其他病原核酸;其后对该毒株的S基因部分序列进行扩增与分析,扩增片段大小约为1100 bp,与GenBank收录的PDCoV毒株对应基因核苷酸序列同源性最高,仅部分碱基出现变异,未见碱基缺失或插入等.其结果表明,该场仔
猪繁殖与呼吸综合征(Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome, PRRS)俗称“蓝耳病”,最早1987年在美国暴发,除极少数养猪国家没有发生以外,已在美洲、非洲、欧亚大陆,甚至澳洲普遍发生并成为危害世界养猪业最重要的疾病之一[1-2].
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为了解兵团六师地区规模化猪场疾病的发生情况,2021年笔者采用荧光RT-PCR和荧光PCR法对六师范围内的25家规模化猪场采集的1478份全血、扁桃体、鼻拭子、肛拭子、病死猪组织(心、肝、脾、肺、肾、淋巴)等样品进行了7种主要疾病的病原检测,包括:猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪圆环病毒2型(PCV2)、支原体(MYCO)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪流感病毒(SIV)、传染性胸膜肺炎放线杆菌(APP)、传染性胃肠炎病毒(TGEV).结果表明,25家规模化养殖场7种猪病的病原学样品总阳性率由高至低分别为M
为初步了解湖南及周边地区猪伪狂犬病免疫及野毒感染情况,于2020年1—12月从湖南及周边地区238个猪场采集血清样品7194份,通过酶联免疫吸附试验(ELISA)分别检测伪狂犬病病毒(PRV)gB抗体和gE抗体.结果发现,667份血清样品为PRV-gE抗体阳性,5937份血清样品为PRV-gB抗体阳性,其平均阳性率分别为9.27%和82.53%;238个猪场中PRV-gB和PRV-gE场阳性率分别为100.0%(238/238)和41.18%(98/238).PRV-gE抗体阳性率,不同阶段猪群存在差异,
试验收集了湖南、浙江、福建、广东等4省8市的规模化猪场各阶段猪的粪便样品74份和肠道样品15份,以及现场采集了广州某生猪屠宰场肝脏和肺脏样各30份共计149份样品,对产气荚膜梭菌在猪中的感染情况进行流行病学调查.处理样品后进行产气荚膜梭菌的分离培养,16s rDNA PCR并测序鉴定阳性菌株,后进行毒素型分析.结果表明,猪产气荚膜梭菌的总检出率为20.81%,其中粪样的阳性率为13.51%,肠样的阳性率为33.33%,肺脏和肝脏的阳性率为26.67%;哺乳仔猪和后备母猪的产气荚膜梭菌阳性率分别为22.73
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