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高等工程教育研究必须选择适当的研究方法。方法的选择要综合考虑问题的性质、研究条件、自身的基础等诸多因素。自然科学的概念、实验过程、论证与推导、结论与结果可以重复，可以体验，可以感知，具有客观存在的特性。社会科学中的概念、实验过程、论证与推导、结论与结果很多不可以重复，不可以直接体验，不可以直接感知，具有间接存在的特性。高等工程教育研究应当综合自然科学、社会科学的研究方法，研究系统把握宏观，研究因素把握结构，研究结构把握系统的矛盾运动