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呼吸系统感染是最常见的感染性疾病类型，2020年新型冠状病毒肺炎的突发再次提醒我们防治呼吸系统感染性疾病的重要性。针对造成呼吸系统感染的病原体进行早期检测，对于疾病的治疗与预后均有重要的价值。纳米孔测序作为一种新的病原体检测方法，具有快速检测、实时分析的优势。本文对纳米孔测序技术在呼吸系统感染性疾病病原学诊断中的应用现状进行综述并进一步分析其应用前景，以期能够为纳米孔测序等新型分子诊断技术在感染性疾病诊疗中的应用研究提供视角。