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二碱基指纹是指全部16种二碱基组合在一个序列内的相对丰度.对病毒、线粒体、细菌、真菌、哺乳动物等上百个物种的基因组序列数据,以及可转座元件序列的分析显示[1-8]:二碱基指纹在基因组内序列之间基本一致,亲缘越近的物种其二碱基指纹越相似.根据这个标准重新进行的分类,与目前通行的基于核酸(或者蛋白质)序列相似性比较所形成的分类基本一致,但也有若干值得注意的差别[9].